1，提高作物產量，改善作物品質

生物有機肥營養物質釋放緩慢。以氮素營養而言，多以NH4+或氨基酸形式供給植物，進入植物細胞后無需消耗大量能量和植物光合作用產物，如糖分和有機酸等，直接參與植物細胞物質的合成，故植物生長快，積累的糖分等物質多，自然農產品質量好，且很少有硝酸鹽等有害物質污染。在巴戟天的種植中應用生物有機肥，巴戟天的有效成分甲基異茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。

2，提高土壤肥力，改善土壤理化性質

土壤有機質直接影響著土壤的保肥性、保水性、緩沖性和通氣狀況等。因此，土壤有機質含量是衡量土壤肥力的一項重要指標，是土壤肥力的物質基礎。

施用生物有機肥不僅能補充被消耗的植物養分，而且還能不斷提高土壤有機質含量。在煙草的種植中應用生物有機肥，使土壤的有機質含量得到了增加。在蘋果園中施用生物有機肥后，有機質含量較對照增加75.8%，土壤容重較對照降低12.50%，毛管孔隙度增加9.8%，可以明顯改善土壤結構，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通氣能力。

有機質經微生物分解，縮合成新的腐殖質，它能與土壤中的粘土及鈣離子結合，形成有機無機復合體，促進土壤中水穩性團粒結構的形成，從而可以協調土壤中水、肥、氣、熱的矛盾，改善土壤結構，使土壤疏松，耕性變好。

3,增加土壤向作物提供營養的能力

一般情況下，生物有機肥料中添加有固氮微生物，該類微生物主要通過其中固氮酶的作用，將空氣中的N2還原為可被作物吸收利用的NH4+。微生物的固氮效率因土壤條件的不同而有較大差異。

生物有機肥中還添加了一定數量的溶磷微生物和硅酸鹽細菌，施入土壤后經增殖并與其它土壤微生物協同作用，可分解土壤中某些原次生礦物，并同時將這些礦物所固定的磷、鉀等養分釋放出來，把無效態磷、鉀轉化成可供作物吸收利用的有效態養分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。

4，改善土壤微生態系統，提高土壤生物肥力的水平

一般腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還可能含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷微生物、光合細菌及假單胞菌等一些有益菌。這些微生物除了具有產生大量活性物質的能力外，有的還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的具有抑制植物根際病原菌的能力，有的則具有改善土壤微生態環境的能力。

生物有機肥施入土壤后能夠調節土壤中微生物的區系組成，使土壤中的微生態系統結構發生了改變。在果園施用生物有機肥后，根區土壤細菌、真菌和放線菌數量顯著增加，其中細菌占優勢。這是因為當有新鮮有機物質進入土壤后，為微生物提供了新的能源，使微生物在種群數量上發生較大的改變。

在我國現有的耕作栽培管理體系下，如長期連作、過多地依賴化肥、不合理或過多使用農藥等，造成土壤微生物和土壤動物組成向惡劣方向發展，不僅有害微生物群體數量上升，而且降低了土壤生物肥力水平，這可能是今后可持續發展中值得重視和加強研究的。

微生物是生物肥力的核心，是共同構成土壤肥力不可或缺的核心組分。人工接種微生物，即施用生物有機肥,是維持和提高土壤肥力的有效手段。

5,減少或降低植物病蟲害的發生

生物有機肥具有改善土壤生態環境及土壤微生物區系的作用，在減少作物病蟲害發生方面發揮著更為重要的作用。這是因為在生物有機肥中含有多種非病原微生物菌群，在微生物的生長繁殖過程中，具有競爭性抑制作用，并能分泌出多種抗生素、殺蟲物質及植物生長激素，不但能抑制植物病原微生物的活動，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生長，使其根系發達，促進葉綠素、蛋白質和核酸的合成，提高作物的抗逆性。